Desa Krayan Jaya mulai terbentuk dimulai pada tahun 1987 melalui program pemerintah Transmigrasi Sosial yang berasal dari daerah Jawa Timur dan Nusa Tenggara Barat (NTB) yang pada saat itu berjumlah 300 KK dan dipimpin oleh seorang Kepala Unit Penempatan Transmigrasi (KUPT) dari Departemen Transmigrasi yang bernama Bapak Suryani, yang kemudian beliau digantikan oleh KUPT lain pada tahun 1990 yang bernama Sudariyanto. Pada tahun 1997 pengelolaan desa diserahkan kepada pemerintah daerah Provinsi Kalimantan Timur khususnya Kabupaten Pasir untuk Desa persiapan menjadi Desa Definitif, yang dipimpin oleh PJS Kepala Desa Bapak Sahabuddin dengan sekretarisnya Bapak Hariyanto sampai dengan tahun 1999 dengan nama desa Krayan II A. Kemudian pada tahun 1999 dilakukanlah  pemilihan kepala Desa yang pertama dengan diikuti oleh empat calon kepala desa  yang di tuangkan dalam surat keputusan Bupati kepala daerah tingkat II Pasir Nomor : 140/SK.827/1998  dan pada saat itu terpilihlah  Bapak Hariyanto sebagai kepala desa yang definitip.

Hinga saat ini Desa Krayan Jaya  telah  mengalami pergantian kepala desa sebanyak 8 ( Delapan ) kali  pergantian kepemimpinan Kepala Desa,berikut nama - nama kepala desa yang telah menjabat di desa Krayan Jaya, yang tergambar dalam table berikut.